Der Förderverein „Sankt Marien“ e.V. wurde im Jahre 1996 gegründet und hat zur Zeit ca.120 Mitglieder. Der Vorstand besteht aus 7 Mitgliedern der Gemeinde und wird vom Organisten und Kantor der Marienkirche, Martin Rost, geleitet. Die Mitglieder sind überwiegend Stralsunder, aber auch einige Bürger aus anderen Städten der Bundesrepublik und dem Ausland sind Mitglieder des Fördervereins. Grundlage der Arbeit ist die Satzung des Vereines vom 19.11.1996.

Der Verein unterstützt die Kirchgemeinde bei der Bautätigkeit und in ihrer Öffentlichkeitsarbeit, sowie in der seelsorgerischen Tätigkeit. Der Verein fördert alle Aktivitäten, die dem öffentlichen Ansehen der Kirchgemeinde Sankt Marien dienen. Der Verein verfolgt ausschließlich und unmittelbar gemeinnützige Zwecke und ist selbstlos tätig. Der Verein verwaltet Einzelspenden und setzt diese entsprechend der Zweckbestimmung und gezielt  zur Restaurierung von historischen Ausstattungselementen der Marienkirche ein. Die Tätigkeit des Vereins erfolgt ehrenamtlich und ist parteipolitisch unabhängig. Mitglied des Fördervereins kann jede natürliche und juristische Person werden.